มาตรา 54/5 ให้นายทะเบียนเรือมีคำสั่งเพิกถอนทะเบียนเรือไทยโดยบันทึกเหตุแห่งการเพิกถอน และจำหน่ายทะเบียนเรือไทยออกจากสมุดทะเบียนเรือไทย ในกรณีดังต่อไปนี้ (1) เจ้าของเรือประมงมีหนังสือแจ้งความประสงค์ขอยกเลิกทะเบียนเรือไทยต่อนายทะเบียนเรือ (2) อธิบดีกรมประมงแจ้งเจ้าท่าว่าเรือไทยที่ได้จดทะเบียนแล้ว ถูกใช้ทำการประมงโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายตามกฎหมายว่าด้วยการประมง (3) มีคำพิพากษาถึงที่สุดว่าเรือไทยที่ได้จดทะเบียนแล้วมีส่วนเกี่ยวข้องหรือใช้ทำการประมงโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย หรือศาลมีคำสั่งริบเรือไทยที่ได้จดทะเบียนแล้วอันเนื่องมาจากการกระทำความผิด (4) เรือประมงที่ได้จดทะเบียนเป็นเรือไทยแล้วแต่ไม่ได้รับใบอนุญาตใช้เรือตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย หรือใบอนุญาตใช้เรือสิ้นอายุโดยมิได้ยื่นคำขอต่ออายุภายในหกสิบวันนับแต่วันที่เจ้าท่าแจ้งให้เจ้าของเรือทราบถึงการสิ้นอายุของใบอนุญาตใช้เรือนั้น (5) เรือประมงที่ต้องขอใบอนุญาตทำการประมงตามกฎหมายว่าด้วยการประมงแต่มิได้ยื่นขอใบอนุญาตทำการประมงภายในสามสิบวันนับแต่ได้รับใบทะเบียนหรือนับแต่วันที่ใบอนุญาตทำการประมงสิ้นอายุ หรือยื่นขอใบอนุญาตทำการประมงแต่ไม่ได้รับใบอนุญาตทำการประมง (6) เรือประมงที่ได้รับใบอนุญาตทำการประมงตามกฎหมายว่าด้วยการประมง ซึ่งอธิบดีกรมประมงแจ้งมายังเจ้าท่าว่าถูกเพิกถอนใบอนุญาตทำการประมง และเจ้าของเรือประมงมิได้แจ้งของดใช้เรือหรือมิได้ขอเปลี่ยนประเภทเรือต่อนายทะเบียนเรือภายในสี่สิบห้าวันนับแต่วันที่เจ้าท่าได้รับแจ้งการเพิกถอนจากอธิบดีกรมประมง (7) เรือที่ต้องจดทะเบียนเป็นเรือขนถ่ายสัตว์น้ำแต่มิได้ยื่นขอจดทะเบียนเป็นเรือขนถ่ายสัตว์น้ำภายในสามสิบวันนับแต่ได้รับใบทะเบียน หรือได้ยื่นขอจดทะเบียนเป็นเรือขนถ่ายสัตว์น้ำแล้วแต่ได้รับแจ้งจากอธิบดีกรมประมงว่ามิได้รับการจดทะเบียนเป็นเรือขนถ่ายสัตว์น้ำ (8) เรือขนถ่ายสัตว์น้ำที่อธิบดีกรมประมงแจ้งว่าถูกเพิกถอนทะเบียนเรือขนถ่ายสัตว์น้ำ และเจ้าของเรือขนถ่ายสัตว์น้ำมิได้แจ้งของดใช้เรือหรือมิได้ขอเปลี่ยนประเภทเรือต่อนายทะเบียนเรือภายในสี่สิบห้าวันนับแต่วันที่เจ้าท่าได้รับแจ้งการเพิกถอนจากอธิบดีกรมประมง (9) มีการแจ้งงดใช้เรือประมงหรือเรือขนถ่ายสัตว์น้ำตามมาตรา 54/10 แล้วฝ่าฝืนนำเรือไปใช้ (10) มีการขอเปลี่ยนประเภทเรือประมงหรือเรือขนถ่ายสัตว์น้ำเป็นเรืออื่นตามมาตรา 54/10 แต่ได้นำเรือดังกล่าวมาใช้ทำการประมง หรือใช้ขนถ่ายสัตว์น้ำ แล้วแต่กรณี